Tuy được đánh giá mang lại hiệu quả thiết thực cho công tác đào tạo nhưng việc chuyển đổi từ đào tạo truyền thống sang đào tạo trực tuyến luôn có những khó khăn nhất định. Đặc biệt là việc lựa chọn một phần mềm đào tạo trực tuyến hỗ trợ. Do đó, các nhà quản lý cần lưu ý lựa chọn và áp dụng các cách